Doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế khi nào? Bí quyết giảm rủi ro thanh tra thuế

Doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế là tình huống mà nhiều kế toán, đặc biệt tại các SME, lo lắng mỗi khi kết thúc năm tài chính.

Theo định hướng thanh tra thuế năm 2025, cơ quan thuế tập trung vào 9 nhóm ngành nghề có dư địa thu lớn hoặc rủi ro cao, như bất động sản, xây dựng, thương mại điện tử và các doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Hiểu rõ điều kiện, quy trình thanh tra và cách chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế đúng quy định giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro bị truy thu, phạt tiền và gián đoạn hoạt động.

Bài viết này cung cấp kiến thức cơ bản về quyết toán thuế và bí quyết phối hợp hiệu quả với cơ quan thuế.

Khái niệm và các điều kiện doanh nghiệp bị cơ quan thuế quyết toán

Định nghĩa quyết toán thuế và vai trò của cơ quan thuế

Quyết toán thuế là quá trình doanh nghiệp xác định lại toàn bộ số thuế phải nộp trong kỳ tính thuế, thường là một năm dương lịch hoặc năm tài chính, sau khi đã tạm nộp thuế theo quý. Cụ thể, quyết toán thuế TNDN theo Thông tư 80/2021/TT-BTC phải nộp chậm nhất ngày thứ 90 kể từ ngày kết thúc năm, còn quyết toán thuế TNCN theo Thông tư 111/2013/TT-BTC phải hoàn thành trước ngày cuối quý I năm sau.

Cơ quan thuế có vai trò kiểm tra, xác minh tính trung thực của hồ sơ quyết toán thuế do doanh nghiệp nộp. Theo Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có quyền thanh tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp để đảm bảo thu đúng, thu đủ thuế vào ngân sách nhà nước và phát hiện các hành vi gian lận, trốn thuế.

Các điều kiện, dấu hiệu khiến doanh nghiệp bị thanh tra quyết toán thuế

Theo Điều 113 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp bị thanh tra thuế khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế như trốn thuế, gian lận thuế; để giải quyết khiếu nại, tố cáo; dựa trên kết quả phân loại rủi ro trong quản lý thuế; hoặc theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, kết luận của Thanh tra Nhà nước.

Định hướng thanh tra năm 2025 theo Công văn 2220/TTCP-KHTH tập trung vào các nhóm doanh nghiệp: hoạt động trong ngành dầu khí, xăng dầu, điện lực, viễn thông, ngân hàng, bảo hiểm, chứng khoán, bất động sản, xây dựng, thương mại điện tử; doanh nghiệp quy mô lớn nhiều năm chưa thanh tra; doanh nghiệp có giao dịch liên kết, chuyển giá, lỗ nhiều năm hoặc kết quả kinh doanh thấp bất thường; doanh nghiệp có rủi ro cao về hóa đơn hoặc dấu hiệu gian lận trong hoàn thuế, ưu đãi thuế.

Phân biệt giữa quyết toán định kỳ và thanh tra quyết toán thuế

Quyết toán thuế định kỳ là nghĩa vụ thường niên mà mọi doanh nghiệp phải thực hiện, bao gồm lập tờ khai quyết toán thuế TNDN, thuế TNCN và nộp cho cơ quan thuế theo đúng thời hạn. Đây là quy trình tự kê khai, tự nộp và chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của số liệu khai báo.

Thanh tra quyết toán thuế là hoạt động kiểm tra chuyên sâu do cơ quan thuế chủ động thực hiện tại trụ sở doanh nghiệp khi phát hiện dấu hiệu vi phạm. Quá trình thanh tra theo Quyết định 1404/QĐ-TCT năm 2015 kéo dài từ 5 đến 10 ngày làm việc và yêu cầu doanh nghiệp cung cấp đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ gốc, báo cáo tài chính để rà soát chi tiết từng nghiệp vụ phát sinh. Kết quả thanh tra có thể dẫn đến truy thu thuế, phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp.

Quy trình kê khai, hạch toán và thủ tục quyết toán thuế cho doanh nghiệp

Trình tự chuẩn bị hồ sơ và kê khai quyết toán thuế hợp lệ

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN gồm tờ khai theo mẫu 03/TNDN, báo cáo tài chính năm đã kiểm toán hoặc xác nhận của kế toán trưởng, báo cáo giải trình kết quả sản xuất kinh doanh và các phụ lục kèm theo. Doanh nghiệp cần tổng hợp doanh thu toàn bộ năm, xác định chi phí được trừ theo Thông tư 96/2015/TT-BTC, loại trừ chi phí không hợp lệ như chi không có hóa đơn chứng từ, chi vượt định mức.

Đối với quyết toán thuế TNCN, doanh nghiệp lập tờ khai theo mẫu 02/QTT-TNCN kèm phụ lục các cá nhân có thu nhập chịu thuế trong năm. Cần đối chiếu số thuế TNCN đã khấu trừ hàng tháng với tổng số thuế phải nộp cả năm để xác định số thuế phải nộp thêm hoặc nộp thừa. Tất cả hồ sơ phải được ký điện tử và nộp qua hệ thống eTax hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế.

Cách hạch toán thuế và xử lý các khoản chi phí, sai sót

Khi quyết toán thuế TNDN, doanh nghiệp phải nộp thêm số thuế còn thiếu, kế toán hạch toán: Nợ TK 3334 – Thuế TNDN phải nộp, Có TK 111, 112 khi nộp tiền. Trường hợp nộp thừa thuế TNDN, hạch toán: Nợ TK 133 – Thuế GTGT được khấu trừ, Có TK 3334, sau đó làm thủ tục hoàn thuế hoặc bù trừ vào kỳ sau.

Khi phát hiện sai sót trong kê khai như bỏ sót hóa đơn đầu ra, thiếu doanh thu, kế toán phải lập tờ khai bổ sung điều chỉnh vào đúng kỳ phát sinh sai sót, không được điều chỉnh vào kỳ hiện tại. Trường hợp phát hiện chi phí không hợp lệ như không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên theo Thông tư 200/2014/TT-BTC, phải loại trừ khỏi chi phí được trừ, tính lại thuế TNDN phải nộp và nộp tiền chậm nộp nếu có.

Ví dụ minh họa quy trình quyết toán thuế cho doanh nghiệp nhỏ và vừa

Công ty TNHH A kinh doanh thương mại có tổng doanh thu năm 2024 là 15 tỷ đồng, chi phí hợp lý là 12 tỷ đồng, thu nhập chịu thuế là 3 tỷ đồng. Theo Luật Thuế TNDN 2025 có hiệu lực từ 01/10/2025, doanh nghiệp có doanh thu từ trên 3 tỷ đến 50 tỷ đồng được áp dụng thuế suất 17% thay vì 20% như trước đây. Số thuế TNDN phải nộp là 510 triệu đồng.

Trong năm, công ty đã tạm nộp 480 triệu đồng, khi quyết toán phải nộp thêm 30 triệu đồng. Tuy nhiên, khi rà soát, kế toán phát hiện có 100 triệu đồng chi phí xăng xe không có định mức trong quy chế tài chính công ty. Theo hướng dẫn của cơ quan thuế, chi phí này không được trừ. Thu nhập chịu thuế tăng lên 3,1 tỷ đồng, thuế TNDN phải nộp là 527 triệu đồng, phải nộp thêm 47 triệu đồng. Doanh nghiệp cần bổ sung định mức xăng xe vào quy chế tài chính và lập tờ khai bổ sung để tránh bị phạt khi thanh tra.

Rủi ro, sai sót thường gặp và bí quyết giảm thiểu rủi ro khi bị thanh tra quyết toán thuế

Các sai sót phổ biến trong kê khai và xử lý thuế thu nhập doanh nghiệp

Sai sót phổ biến nhất là doanh nghiệp tính vào chi phí được trừ các khoản không đủ điều kiện như: chi phí không có hóa đơn chứng từ hợp lệ, chi phí thanh toán tiền mặt đối với hóa đơn trên 20 triệu đồng, chi tiền lương nhưng chưa thực trả đến thời điểm cuối hạn nộp tờ khai quyết toán, chi phí khấu hao tài sản chưa đưa vào sử dụng, chi phí dự phòng không đúng quy định.

Nhiều doanh nghiệp SME không rà soát kỹ hóa đơn GTGT đầu vào trước khi khấu trừ, dẫn đến khấu trừ hóa đơn không hợp lệ như hóa đơn từ doanh nghiệp ngừng hoạt động, mã số thuế trạng thái 03 hoặc 05, hóa đơn không có mã của cơ quan thuế. Khi bị thanh tra, cơ quan thuế yêu cầu điều chỉnh giảm thuế GTGT được khấu trừ, tính lại số thuế phải nộp, phạt chậm nộp và phạt vi phạm hành chính.

Mức phạt, truy thu thuế và hậu quả pháp lý liên quan

Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp bị phạt từ 10% đến 30% số tiền thuế khai thiếu. Trường hợp khai sai lần đầu, thiếu dưới 500 triệu đồng và tự giác khai bổ sung trước khi cơ quan thuế phát hiện thì được miễn phạt hành chính nhưng vẫn phải nộp đủ số thuế và tiền chậm nộp.

Hành vi vi phạm	Mức phạt	Điều khoản
Khai sai dẫn đến thiếu thuế lần đầu dưới 500 triệu	10% số thuế thiếu + tiền chậm nộp 0,03%/ngày	Điều 142 Nghị định 125/2020
Khai sai thiếu thuế từ 500 triệu đến dưới 1 tỷ	20% số thuế thiếu + tiền chậm nộp	Điều 142 Nghị định 125/2020
Chậm nộp hồ sơ quyết toán thuế trên 90 ngày có thuế phải nộp	15 – 25 triệu với cá nhân, 30 – 50 triệu với tổ chức	Điều 141 Nghị định 125/2020
Sử dụng hóa đơn không hợp pháp để khấu trừ thuế	5 – 10 triệu với cá nhân, 10 – 50 triệu với tổ chức	Điều 143 Nghị định 125/2020

Tiền chậm nộp tính bằng 0,03% mỗi ngày trên số tiền thuế chậm nộp, tính liên tục từ ngày hết hạn nộp đến ngày thực nộp. Với kỳ quyết toán thuế, nếu chậm nộp 100 ngày, tiền chậm nộp sẽ tương đương 3% số thuế thiếu, cộng thêm phạt hành chính có thể lên đến 30%, tổng gánh nặng tài chính là 33% số thuế gốc.

Kinh nghiệm phối hợp hiệu quả với cơ quan thuế, chuẩn bị tài liệu và giải trình

Khi nhận quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp có 15 ngày để chuẩn bị hồ sơ theo Điều 114 Luật Quản lý thuế 2019. Kế toán cần in đầy đủ sổ sách kế toán theo năm, sắp xếp chứng từ gốc theo thứ tự bảng kê thuế GTGT đầu vào, đầu ra đã nộp, chuẩn bị các hợp đồng kinh tế, hợp đồng lao động, bảng lương, chấm công, quyết định tăng lương, quy chế tài chính công ty.

Chỉ định người đại diện có chuyên môn tốt, am hiểu nghiệp vụ làm đầu mối chính với đoàn thanh tra. Thái độ hợp tác, cung cấp tài liệu đầy đủ nhưng không tự nhận sai khi chưa có căn cứ rõ ràng. Khi thanh tra viên yêu cầu giải trình, trả lời súc tích, dẫn chiếu đúng điều luật, không đưa thêm thông tin không liên quan. Nếu có ý kiến khác biệt, lập văn bản giải trình kèm tài liệu chứng minh. Sau khi nhận biên bản kết luận thanh tra, nếu không đồng ý, doanh nghiệp có quyền khiếu nại trong vòng 90 ngày theo Điều 132 Luật Quản lý thuế 2019.

Lưu ý tuân thủ pháp luật để tránh rủi ro và tăng hiệu quả quản lý thuế

Xây dựng quy chế tài chính công ty rõ ràng, quy định cụ thể các khoản chi phí, định mức xăng xe, tiền điện thoại, tiếp khách, công tác phí. Kiểm soát chặt chẽ việc thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng, đảm bảo đầy đủ chứng từ chuyển khoản ngân hàng trước khi hạch toán chi phí.

Sử dụng phần mềm kế toán để quản lý chứng từ, tự động đối chiếu dữ liệu kê khai với sổ sách. Rà soát định kỳ hóa đơn đầu vào trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế để phát hiện hóa đơn rủi ro cao trước khi khấu trừ. Thường xuyên cập nhật thay đổi về thuế suất, biểu mẫu tờ khai, đặc biệt các quy định mới có hiệu lực từ 01/07/2025 về thuế GTGT giảm từ 10% xuống 8% và từ 01/10/2025 về thuế suất TNDN phân cấp theo doanh thu.

FAQ về doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế và cách giảm rủi ro

Khi nào doanh nghiệp bị cơ quan thuế quyết toán thuế?

Doanh nghiệp bị cơ quan thuế thanh tra quyết toán thuế khi thuộc nhóm ngành nghề có dư địa thu lớn hoặc rủi ro cao theo định hướng hàng năm, khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, theo kết quả phân tích rủi ro trên hệ thống quản lý thuế, khi bị khiếu nại hoặc tố cáo, hoặc theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước. Thông thường, các chi cục thuế lập danh sách vào cuối năm và thông báo quyết định thanh tra trong quý I năm sau. Doanh nghiệp quy mô lớn trên 5 năm chưa thanh tra cũng có khả năng cao được đưa vào kế hoạch.

Cách chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế đúng quy định?

Hồ sơ quyết toán thuế TNDN gồm tờ khai mẫu 03/TNDN, báo cáo tài chính năm, báo cáo giải trình kết quả kinh doanh và các phụ lục. Đảm bảo tờ khai phản ánh đúng doanh thu, chi phí được trừ hợp lệ theo Thông tư 96/2015/TT-BTC, loại trừ các chi phí không đủ điều kiện. Đối với quyết toán thuế TNCN, sử dụng mẫu 02/QTT-TNCN kèm phụ lục danh sách người lao động và thu nhập chịu thuế. Nộp hồ sơ qua hệ thống eTax hoặc trực tiếp tại cơ quan thuế đúng thời hạn quy định, tránh bị phạt chậm nộp.

Làm thế nào để giảm rủi ro khi bị thanh tra, kiểm tra thuế?

Doanh nghiệp cần xây dựng quy chế tài chính rõ ràng, kiểm soát chặt chẽ chứng từ hóa đơn, đảm bảo thanh toán không dùng tiền mặt với hóa đơn trên 20 triệu đồng. Rà soát định kỳ hóa đơn đầu vào trên Cổng thông tin Tổng cục Thuế để phát hiện hóa đơn rủi ro cao. Khi nhận quyết định thanh tra, chuẩn bị đầy đủ sổ sách kế toán, chứng từ gốc, hợp đồng, hồ sơ nhân sự. Chỉ định người có chuyên môn làm đầu mối, thái độ

Bài viết cùng chủ đề