Mức phạt khi bị đóng mã số thuế là gì?

Mức phạt khi bị đóng mã số thuế là chủ đề khiến nhiều chủ doanh nghiệp và kế toán SME “giật mình” khi tài khoản bị cưỡng chế, hóa đơn bị khóa, mã số thuế chuyển sang trạng thái 03 hoặc 04. Việc bị đóng MST thường bắt nguồn từ vi phạm kê khai, chậm nộp thuế GTGT, thuế TNDN, quyết toán thuế TNCN hoặc nợ thuế kéo dài theo Luật Quản lý thuế 2019 và Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Bài viết này giúp bạn hiểu rõ mức phạt, cách tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày, cách hạch toán khoản phạt theo VAS và kinh nghiệm xử lý để mở lại MST, hạn chế rủi ro truy thu khi thanh tra thuế.

Quy định pháp lý về mức phạt và nguyên nhân bị đóng MST

Các trường hợp dẫn đến đóng MST và mức phạt cơ bản

Theo Danh mục trạng thái mã số thuế tại Thông tư 105/2020 và được tiếp nối bởi Thông tư 86/2024/TT-BTC, trạng thái 03 là “ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực MST”, trạng thái 04 là “đã chấm dứt hiệu lực MST”. Nguyên nhân thường gặp: không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, nợ thuế kéo dài, không nộp tờ khai thuế GTGT, TNDN, TNCN, không quyết toán thuế theo hạn.

Căn cứ tính phạt từ Luật Quản lý thuế và Nghị định 125/2020

Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 quy định tiền chậm nộp được tính bằng 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp, tính liên tục đến trước ngày nộp đủ vào NSNN. Nghị định 125/2020 quy định thêm mức phạt hành chính 10–20% đối với khai sai, 1–3 lần số thuế trốn với hành vi trốn thuế, cùng các biện pháp cưỡng chế như phong tỏa tài khoản, thu hồi đăng ký kinh doanh.

Áp dụng cho doanh nghiệp SME và hộ kinh doanh

Luật Quản lý thuế áp dụng thống nhất cho tổ chức, hộ gia đình, hộ kinh doanh, cá nhân. Doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ hay hộ kinh doanh đều có thể bị đóng MST nếu vi phạm nghĩa vụ kê khai, quyết toán thuế hoặc bỏ địa chỉ kinh doanh. Khi đó, cá nhân đại diện pháp luật, chủ hộ vẫn chịu trách nhiệm liên đới đối với nợ thuế, tiền phạt và có nguy cơ bị áp dụng biện pháp cưỡng chế hành chính.

Trạng thái MST 03	Ngừng hoạt động nhưng chưa hoàn thành thủ tục chấm dứt MST, vẫn bị theo dõi nợ thuế
Trạng thái MST 04	Đã chấm dứt hiệu lực MST, thường sau khi hoàn tất quyết toán, xử lý nợ thuế

Cách tính phạt, hạch toán và quyết toán khi bị đóng MST

Hướng dẫn tính phạt chậm nộp và truy thu cụ thể

Tiền chậm nộp = Số thuế chậm nộp × 0,03% × số ngày chậm. Ví dụ: doanh nghiệp chậm nộp 100 triệu thuế GTGT trong 30 ngày thì tiền chậm nộp là 100.000.000 × 0,03% × 30 = 900.000 đồng. Ngoài tiền chậm nộp, nếu kê khai thiếu thuế TNDN, thuế GTGT, thuế TNCN còn bị phạt từ 10–20% số thuế thiếu theo Nghị định 125/2020.

Hạch toán khoản phạt theo chuẩn mực VAS

Theo Thông tư 200/2014/TT-BTC và VAS 01, khoản phạt vi phạm thuế được ghi nhận là chi phí khác, không phải chi phí được trừ khi tính thuế TNDN. Thông thường kế toán hạch toán: Nợ TK 811 – Chi phí khác/Có TK 3339 (hoặc tài khoản phải trả khác) khi ghi nhận quyết định xử phạt. Khi nộp phạt: Nợ TK 3339 (hoặc 338)/Có TK 111, 112. Chi phí này vẫn thể hiện trên báo cáo tài chính nhưng phải loại khi lập tờ khai quyết toán thuế TNDN.

Quy trình kê khai, quyết toán sau khi bị phạt đóng MST

Sau khi bị đóng MST, doanh nghiệp thường phải đề nghị khôi phục mã số thuế, nộp đầy đủ tiền thuế, tiền phạt rồi mới tiếp tục nộp hồ sơ quyết toán thuế GTGT, TNDN, TNCN và báo cáo tài chính năm. Thời hạn quyết toán năm vẫn là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính theo Luật Quản lý thuế. Đây là điều kiện tiên quyết nếu doanh nghiệp muốn giải thể, tạm ngừng lâu dài hoặc chuyển đổi mô hình.

Rủi ro thường gặp, case study và kinh nghiệm khắc phục

Sai sót kê khai dẫn phạt và mức xử lý nặng

Sai sót thường gặp: không nộp tờ khai thuế GTGT, thuế TNDN, quyết toán thuế TNCN nhiều kỳ; xuất hóa đơn điện tử nhưng không kê khai; tạm ngừng kinh doanh nhưng không thông báo. Khi đó, cơ quan thuế có thể vừa tính 0,03%/ngày tiền chậm nộp, vừa phạt hành chính và cưỡng chế tài khoản. Nhiều SME bị “treo nợ thuế” hàng trăm triệu đồng chỉ vì bỏ mặc doanh nghiệp sau khi ngừng kinh doanh.

Kinh nghiệm xử lý thanh tra thuế và mở MST

Kinh nghiệm thực tế: trước khi làm việc với cơ quan thuế, kế toán cần đối chiếu công nợ thuế, in đầy đủ tờ khai, báo cáo tài chính, bảng kê hóa đơn điện tử, bảng lương. Nhiều trường hợp doanh nghiệp chủ động khai bổ sung, nộp thuế thiếu trước khi thanh tra sẽ được xem xét giảm mức phạt theo Nghị định 125/2020. Sau khi nộp đủ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, doanh nghiệp gửi hồ sơ đề nghị khôi phục MST rồi mới tính tới tạm ngừng, giải thể.

Bài học tuân thủ cho doanh nghiệp Việt Nam

Bài học lớn là luôn theo dõi sát nghĩa vụ thuế định kỳ, đặc biệt các mốc nộp tờ khai, tờ khai quyết toán và báo cáo tài chính cuối năm. Chi phí phạt thuế không được trừ khi tính thuế TNDN, làm tăng gánh nặng dòng tiền và ảnh hưởng uy tín tín dụng của doanh nghiệp. Với hộ kinh doanh, việc để bị đóng MST cũng gây khó khăn khi vay vốn, chuyển đổi lên doanh nghiệp, nên cần chủ động tạm ngừng, quyết toán kịp thời để tránh phạt.

FAQ về mức phạt khi bị đóng mã số thuế

Câu 1: Mức phạt chậm nộp thuế dẫn đến bị đóng MST là bao nhiêu?
Tiền chậm nộp được tính 0,03%/ngày trên số thuế chậm nộp theo Điều 59 Luật Quản lý thuế 2019 và hướng dẫn chi tiết tại các văn bản liên quan. Ngoài ra, doanh nghiệp còn có thể bị phạt hành chính từ 10–20% số thuế thiếu hoặc cao hơn nếu có dấu hiệu trốn thuế theo Nghị định 125/2020.

Câu 2: Khoản phạt thuế có được trừ khi tính thuế TNDN không?
Không. Luật Thuế TNDN quy định các khoản phạt vi phạm hành chính, trong đó có phạt thuế, tiền chậm nộp, không được tính vào chi phí được trừ. Doanh nghiệp vẫn hạch toán chi phí theo VAS nhưng phải loại khỏi chi phí tính thuế khi lập tờ khai quyết toán thuế TNDN cuối năm.

Câu 3: Làm gì để mở MST sau khi bị phạt đóng?
Doanh nghiệp cần nộp đủ số thuế còn nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt; lập biên bản đối chiếu nợ thuế với cơ quan thuế; nộp hồ sơ đề nghị khôi phục MST theo Thông tư 86/2024/TT-BTC. Sau khi được khôi phục, mới có thể kê khai bổ sung, quyết toán và xử lý các thủ tục tiếp theo như giải thể, tạm ngừng dài hạn.

Câu 4: Bị đóng MST có phải quyết toán thuế năm không?
Có. Việc đóng MST không làm mất nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế và quyết toán thuế đến thời điểm bị xử lý. Cơ quan thuế chỉ chấm dứt hiệu lực MST khi doanh nghiệp đã hoàn thành nghĩa vụ thuế, bao gồm nộp đủ các tờ khai, báo cáo tài chính và khoản thuế, tiền phạt chưa nộp.

Tóm lại, mức phạt khi bị đóng mã số thuế không chỉ bao gồm 0,03%/ngày tiền chậm nộp mà còn kéo theo phạt hành chính, nguy cơ cưỡng chế, mất cơ hội kinh doanh và ảnh hưởng uy tín. Doanh nghiệp cần chủ động theo dõi kê khai – quyết toán thuế, đối chiếu công nợ, lưu trữ chứng từ và cập nhật quy định mới (Luật Quản lý thuế, Nghị định 125/2020, 123/2020) để hạn chế rủi ro.

Tham khảo thêm: Hậu quả của việc bị đóng mã số thuế – Doanh nghiệp cần lưu ý gì?

Bài viết cùng chủ đề