Công ty không xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN có bị phạt không?

Công ty không xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN có bị phạt không?
Có. Tổ chức trả thu nhập không cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho người lao động có thể bị phạt 10–50 triệu đồng theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP và phải chịu trách nhiệm khi người lao động bị truy thu do thiếu chứng từ.

Theo Luật Thuế TNCN và Thông tư 92, doanh nghiệp phải cấp chứng từ khấu trừ trong 10 ngày sau khi quyết toán năm; việc lập chứng từ điện tử thực hiện trên etax.thue.gdt.gov.vn. Bài viết sẽ tóm tắt mức phạt, thủ tục cấp bổ sung và các tình huống thường gặp khi thanh tra thuế.

Quy định pháp lý về chứng từ khấu trừ TNCN

Nghĩa vụ cấp chứng từ của doanh nghiệp

Theo Điều 21 Luật Thuế TNCN, doanh nghiệp hoặc hộ kinh doanh có trách nhiệm khấu trừ thuế TNCN và cấp chứng từ khấu trừ cho người lao động trong 10 ngày làm việc kể từ ngày quyết toán thuế năm (muộn nhất 31/03 năm sau).

Chứng từ theo mẫu 05/KK-TNCN (Thông tư 111) phải thể hiện đầy đủ: họ tên, MST, tổng thu nhập, giảm trừ, thu nhập tính thuế và số thuế đã khấu trừ.

Theo Thông tư 92/2021, chứng từ khấu trừ được lập điện tử trên hệ thống etax.thue.gdt.gov.vn, áp dụng cho người lao động cư trú có hợp đồng từ 3 tháng trở lên và thu nhập chịu thuế theo biểu lũy tiến từng phần.

Mức phạt không xuất chứng từ

Theo khoản 1 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp không cấp hoặc cấp chậm chứng từ khấu trừ thuế TNCN sẽ bị phạt 10–20 triệu đồng/vi phạm, và 20–50 triệu đồng nếu tái phạm hoặc cố tình không thực hiện.

Ngoài phạt hành chính, doanh nghiệp phải truy thu thuế TNCN và tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày nếu người lao động phải nộp bổ sung do thiếu chứng từ khấu trừ.

Mức phạt tham khảo theo quy mô:

• Dưới 10 lao động: ~10 triệu

• 10–50 lao động: ~15 triệu

• Trên 50 lao động: từ 20 triệu

Ví dụ: Doanh nghiệp 50 nhân viên không cấp chứng từ cho 30 người có thể bị phạt 20–30 triệu đồng tùy mức độ vi phạm.

Liên hệ VAS và báo cáo tài chính

Thuế TNCN khấu trừ được hạch toán theo VAS 01 qua TK 3387:
Nợ TK 334 / Có TK 3387 khi khấu trừ từ lương.
Nếu bị truy thu do không cấp chứng từ, doanh nghiệp phải điều chỉnh BCTC theo VAS 21 nếu số tiền trọng yếu.

Theo Thông tư 200 và 133, tiền phạt hành chính hạch toán:
Nợ TK 642 / Có TK 111, và không được trừ khi tính thuế TNDN.

Lưu ý: Dù doanh nghiệp đã khấu trừ thuế TNCN nhưng không cấp chứng từ, vẫn bị phạt và người lao động có quyền yêu cầu cấp để quyết toán thuế.

Thủ tục cấp và bổ sung chứng từ

Quy trình cấp chứng từ trên etax

Quy trình cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử gồm 5 bước:
(1) Kê khai mẫu 05/KK-TNCN trên hệ thống etax;
(2) Hệ thống duyệt và tự động sinh chứng từ khấu trừ;
(3) Doanh nghiệp tải chứng từ dạng PDF/XML;
(4) Gửi cho nhân viên qua email hoặc in đóng dấu;
(5) Nhân viên dùng chứng từ này để quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Ví dụ: Lương 20 triệu/tháng → thu nhập năm 240 triệu; giảm trừ bản thân 132 triệu → thu nhập tính thuế 108 triệu → thuế khấu trừ khoảng 5,4 triệu theo biểu lũy tiến.
Thời hạn quyết toán thuế TNCN chậm nhất 31/03 năm sau.

Xử lý bổ sung khi quên cấp

Khi phát hiện quên cấp chứng từ khấu trừ, doanh nghiệp phải xử lý ngay:
(1) Lập chứng từ khấu trừ điện tử bổ sung trên etax cho từng nhân viên;
(2) Gửi văn bản giải trình lý do chậm cấp cho cơ quan thuế;
(3) Chấp nhận mức phạt 10–20 triệu theo Nghị định 125/2020;
(4) Điều chỉnh sổ sách nếu còn sai lệch.

Bút toán ghi nhận khoản phạt: Nợ 642 / Có 111: 15.000.000đ.
Ví dụ: Công ty 50 nhân viên quên cấp chứng từ cho 30 người, tổng phạt khoảng 30–35 triệu tùy quyết định của cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần cấp bổ sung trước khi nhân viên quyết toán để tránh rủi ro truy thu.

Tích hợp quyết toán TNCN doanh nghiệp

Doanh nghiệp phải tổng hợp toàn bộ chứng từ khấu trừ đã cấp vào Tờ khai quyết toán thuế TNCN mẫu 02/TNCN, nộp cơ quan thuế chậm nhất ngày 31/03 năm sau. Số thuế đã khấu trừ phải khớp với tổng số thuế ghi trên chứng từ cấp cho nhân viên; nếu lệch, doanh nghiệp phải giải trình và điều chỉnh.

Chi phí lương và thuế TNCN chỉ được tính vào chi phí được trừ khi có đầy đủ hợp đồng lao động – bảng lương – chứng từ khấu trừ theo Luật Thuế TNDN. Hóa đơn điện tử tiền lương không bắt buộc theo Thông tư 78/2021 nhưng nên lưu để phục vụ thanh tra. Tất cả chứng từ khấu trừ phải được lưu trữ 10 năm theo Luật Quản lý thuế 38/2019.

Rủi ro thực tế và kinh nghiệm xử lý

Sai sót thường gặp

Kế toán SME thường gặp ba lỗi phổ biến khi cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN:

1. Quên cấp chứng từ cho nhân viên nghỉ việc giữa năm hoặc lao động thời vụ, dẫn đến khiếu nại khi họ tự quyết toán thuế.

2. Cấp sai thông tin như tổng thu nhập hoặc số thuế đã khấu trừ không khớp với Tờ khai 05/KK-TNCN, khiến cơ quan thuế từ chối hồ sơ quyết toán của nhân viên.

3. Sai mã số thuế hoặc CMND/CCCD trên chứng từ điện tử, làm hệ thống etax không thể đối chiếu dữ liệu.

Case điển hình: Công ty XYZ (80 nhân viên) bị thanh tra phát hiện không cấp chứng từ cho 50 người trong năm 2024, bị phạt 30 triệu đồng và truy thu 100 triệu thuế TNCN do không chứng minh được số thuế đã khấu trừ.

Hậu quả thanh tra và phạt

Ngoài phạt hành chính 20-50 triệu đồng, doanh nghiệp còn phải chịu nhiều hậu quả khác: truy thu thuế TNCN nếu không chứng minh đã khấu trừ đủ, tiền chậm nộp 0,03%/ngày tính từ thời điểm phải nộp thuế, ảnh hưởng đến dòng tiền và kế hoạch tài chính. Bảng rủi ro:

Vi phạm	Hậu quả
Không cấp chứng từ	Phạt 10-20tr + truy thu thuế + lãi
Cấp sai thông tin	Phạt 5-10tr + điều chỉnh lại
Cấp chậm >10 ngày	Phạt 10tr + khiếu nại nhân viên

Ảnh hưởng nghiêm trọng: Nhân viên không hoàn được thuế TNCN đã nộp thừa vì thiếu chứng từ, dẫn đến khiếu nại và mất uy tín doanh nghiệp.

Kinh nghiệm tuân thủ từ SME

Doanh nghiệp nên thiết lập quy trình kiểm tra danh sách nhân viên hàng quý, đặc biệt trước kỳ quyết toán thuế TNCN tháng 12, để đảm bảo mọi lao động có hợp đồng trên 3 tháng đều được cấp chứng từ. Chứng từ điện tử cần được lưu trữ file XML tối thiểu 10 năm và sao lưu trên nhiều thiết bị để tránh mất dữ liệu.

Case thực tế: Công ty A khi bị thanh tra yêu cầu cung cấp chứng từ khấu trừ của 120 nhân viên năm 2023 đã xuất trình đầy đủ file XML từ hệ thống etax, đối chiếu với Tờ khai 05/KK-TNCN và biên lai nộp thuế, nên không bị xử phạt.

Khuyến nghị: Doanh nghiệp có trên 100 lao động nên trao đổi trước với cơ quan thuế và sử dụng phần mềm quản lý lương tích hợp cấp chứng từ tự động để tránh thiếu sót và giảm rủi ro khi thanh tra.

Câu hỏi thường gặp

Công ty quên cấp chứng từ TNCN phạt bao nhiêu?

Phạt từ 10 đến 20 triệu đồng theo khoản 1 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Nếu vi phạm tái diễn hoặc số lượng lớn, mức phạt có thể tăng lên 20-50 triệu. Doanh nghiệp cần cấp bổ sung chứng từ ngay để tránh truy thu thuế khi nhân viên quyết toán thuế TNCN cá nhân và khiếu nại với cơ quan thuế.

Nhân viên quyết toán thiếu chứng từ công ty chịu trách nhiệm?

Có, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm truy thu thuế TNCN và tiền chậm nộp nếu không chứng minh đã khấu trừ đủ theo quy định. Cần cấp bổ sung chứng từ khấu trừ mẫu 05/KK-TNCN kèm giải trình cho cơ quan thuế, đồng thời gửi cho nhân viên để họ hoàn tất quyết toán thuế cá nhân trên hệ thống etax.thue.gdt.gov.vn.

Chứng từ TNCN điện tử sai có phạt không?

Có, nếu chứng từ có sai sót về thông tin (họ tên, mã số thuế, số tiền) mà không điều chỉnh kịp thời sẽ bị phạt theo khoản 4 Điều 15 Nghị định 125/2020/NĐ-CP. Doanh nghiệp phải thay thế hoặc thu hồi chứng từ sai trên hệ thống etax, lập chứng từ mới chính xác và thông báo cho nhân viên để họ cập nhật khi quyết toán.

Thanh tra phát hiện không cấp xử lý thế nào?

Doanh nghiệp phải nộp phạt hành chính 10-50 triệu đồng tùy mức độ vi phạm, cấp bổ sung chứng từ cho toàn bộ nhân viên thiếu, chịu tiền chậm nộp 0,03%/ngày nếu có truy thu thuế TNCN. Lưu trữ đầy đủ chứng từ, tờ khai và biên lai nộp thuế trong 10 năm theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 để phục vụ thanh tra lần sau.

Cấp đúng và đủ chứng từ khấu trừ thuế TNCN là nghĩa vụ pháp lý và bảo vệ quyền lợi người lao động khi quyết toán thuế. Doanh nghiệp không cấp hoặc cấp chậm có thể bị phạt 10–50 triệu đồng, đồng thời phải truy thu thuế và tiền chậm nộp nếu phát sinh khiếu nại. Quy định hiện hành yêu cầu dùng chứng từ điện tử trên etax, nên kế toán phải nắm rõ quy trình và thời hạn để tránh vi phạm.

Để tuân thủ, doanh nghiệp cần rà soát nhân sự định kỳ, cấp chứng từ kịp thời, lưu trữ hồ sơ 10 năm và thiết lập cảnh báo tự động để tránh quên. Với trường hợp phức tạp hoặc số lượng lao động lớn, nên trao đổi trực tiếp với cơ quan thuế để được hướng dẫn. Việc cập nhật thường xuyên quy định về thuế TNCN, TNDN và GTGT sẽ giúp kế toán duy trì nghiệp vụ vững chắc và hạn chế rủi ro.

Bài viết cùng chủ đề