Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn hay kê khai tại kỳ hiện tại?

Theo quy định:

• Trước 01/07/2025: kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn (theo Thông tư 219/2013/TT-BTC) kèm giải trình lý do.

• Từ 01/07/2025: nếu chỉ làm tăng thuế khấu trừ chuyển kỳ sau mà không giảm thuế phải nộp kỳ trước hoặc tăng thuế hoàn, có thể kê khai tại kỳ phát hiện (Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15).

Cách trình bày này vừa đặt câu hỏi ngay đầu, vừa trả lời rõ ràng, giúp thu hút người đọc ngay từ đầu bài viết.

Theo điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế GTGT 48/2024 (từ 01/07/2025), hóa đơn đầu vào bị bỏ sót có thể kê khai tại kỳ phát hiện nếu chỉ làm tăng thuế khấu trừ chuyển kỳ, không ảnh hưởng thuế hoàn hoặc thuế phải nộp kỳ trước. Nghị định 181/2025 hướng dẫn chi tiết. Trước 01/07/2025, theo Thông tư 219/2013, hóa đơn bỏ sót phải lập tờ khai bổ sung kỳ phát sinh, kèm giải trình và có thể chịu phạt chậm nộp.

Theo Điều 47 Luật Quản lý thuế 38/2019, doanh nghiệp có quyền kê khai bổ sung trong 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ, nhưng phải trước khi bị thanh tra. Hồ sơ gồm: Tờ khai 01/GTGT bổ sung, văn bản giải trình lý do bỏ sót, bản sao hóa đơn hợp lệ và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (với giao dịch ≥5 triệu). Hóa đơn phải hợp lệ: người bán đã kê khai thuế và hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động chịu thuế.

Tham khảo thêm: Hạch toán hóa đơn đầu vào bị bỏ sót năm trước

Kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào ảnh hưởng báo cáo tài chính theo VAS 01 (chi phí), VAS 21 (trình bày) và VAS 03 (nguyên giá, khấu hao TSCĐ). Theo Thông tư 200, thuế GTGT đầu vào được khấu trừ ghi: Nợ 133 / Có 3331. Nếu bổ sung kỳ trước và ảnh hưởng trọng yếu, phải điều chỉnh hồi tố báo cáo tài chính. Thông tư 133 hướng dẫn hạch toán tăng khấu trừ chuyển kỳ sau.

Kê khai bổ sung trên HTKK gồm 7 bước: (1) Đăng nhập HTKK, chọn “Tờ khai thuế GTGT”; (2) Chọn “Tờ khai bổ sung” và nhập kỳ cần bổ sung; (3) Nhập bổ sung hóa đơn đầu vào tại chỉ tiêu 32 (hàng hóa) hoặc 38 (TSCĐ); (4) Hệ thống tính chênh lệch thuế khấu trừ; (5) Kiểm tra chỉ tiêu 40; (6) Lập văn bản giải trình; (7) Ký số và xuất XML nộp qua etax. Lưu ý: bổ sung kỳ phát sinh có thể tăng thuế phải nộp và chịu phạt, bổ sung kỳ hiện tại chỉ tăng khấu trừ.

Khi quyết toán thuế GTGT năm, phải tổng hợp đầy đủ các kỳ đã kê khai bổ sung vào Tờ khai 01/GTGT và đảm bảo số liệu khớp với từng tháng/quý. Thuế được khấu trừ chuyển kỳ sau phải được theo dõi chính xác để sử dụng đúng hoặc xử lý khi doanh nghiệp ngừng hoạt động. Với thuế TNDN, hóa đơn bỏ sót có thể bị loại chi phí nếu chứng từ không hợp lệ. Với hóa đơn điện tử theo Thông tư 78, trước khi bổ sung phải tra cứu tính hợp lệ và kiểm tra người bán đã kê khai thuế; nếu chưa kê khai, hóa đơn không được khấu trừ.

Kế toán SME thường kê khai bổ sung sai kỳ, nhất là các hóa đơn phải bổ sung về kỳ phát sinh (trước 01/07/2025). Case: Công ty XYZ bỏ sót hóa đơn mua ô tô 2 tỷ (VAT 200 triệu, chỉ được khấu trừ 160 triệu) trong quý 4/2024 nhưng lại bổ sung vào quý 1/2025, bị thanh tra truy thu. Sai khác: hạch toán toàn bộ 200 triệu vào thuế khấu trừ thay vì đưa 40 triệu vào nguyên giá TSCĐ theo VAS 03. Một lỗi nữa là không kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn điện tử trước khi bổ sung, dẫn đến bị từ chối khấu trừ khi người bán chưa kê khai.

Theo Nghị định 125/2020, kê khai bổ sung làm giảm số thuế phải nộp sẽ bị phạt 20% số thuế thiếu và tính lãi 0,03%/ngày. Ví dụ bổ sung 100 triệu sau 4 tháng → phải nộp 23,6 triệu tiền phạt và lãi. Rủi ro phổ biến: bổ sung sai kỳ, hóa đơn không hợp lệ, bổ sung muộn làm giảm thuế phải nộp. Hậu quả: tăng đột ngột số thuế phải nộp, giảm cơ hội hoàn thuế và gây sai lệch báo cáo tài chính.

Doanh nghiệp cần kiểm tra hóa đơn đầu vào ngay khi nhận, đối chiếu sổ sách trước khi kê khai và lưu trữ đầy đủ hóa đơn điện tử, chứng từ thanh toán, hợp đồng trong 10 năm. Case thực tế: Công ty A giải trình hóa đơn bổ sung quý 3/2024 bằng file XML và email xác nhận với nhà cung cấp nên được chấp nhận không phạt. Với trường hợp phức tạp hoặc giá trị lớn, nên liên hệ cục thuế để được hướng dẫn và xử lý bổ sung trước khi lập báo cáo tài chính năm.

Hiểu đúng quy định kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị sót giúp kế toán tránh phạt và lãi chậm nộp. Từ 01/07/2025, được kê khai tại kỳ phát hiện nếu chỉ làm tăng thuế khấu trừ chuyển kỳ, đơn giản hơn trước. Kế toán cần phân biệt rõ trường hợp áp dụng, thực hiện đúng trên HTKK, hạch toán theo VAS và lưu trữ chứng từ đầy đủ. Doanh nghiệp nên kiểm soát hóa đơn đầu vào hàng tháng và xử lý ngay khi phát hiện sai sót. Với tình huống phức tạp hoặc giá trị lớn, nên trao đổi trực tiếp với cơ quan thuế và thường xuyên cập nhật quy định mới.