Đầu ra không chịu thuế thì đầu vào có được khấu trừ không?

Đầu ra không chịu thuế thì đầu vào có được khấu trừ không?

Đầu ra không chịu thuế thì đầu vào có được khấu trừ không? Đây là câu hỏi “kinh điển” mà hầu như kế toán thuế nào cũng từng gặp, đặc biệt với doanh nghiệp dịch vụ y tế, giáo dục, tài chính, phần mềm, dự án viện trợ… Nếu hiểu sai ranh giới giữa hàng hóa không chịu thuế GTGT và hàng hóa chịu thuế, doanh nghiệp rất dễ bị loại khấu trừ, truy thu và phạt theo Luật Thuế GTGT và Nghị định 125/2020. Bài viết này tổng hợp quy định mới nhất, cách tính, cách hạch toán theo VAS và ví dụ thực tế để bạn xử lý đúng ngay từ khâu kê khai, quyết toán thuế GTGT.

Quy Định Pháp Lý Về Khấu Trừ Đầu Vào Khi Đầu Ra Không Chịu Thuế

Các trường hợp đầu ra không chịu thuế GTGT

Đầu ra không chịu thuế thường là các nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT và hướng dẫn của Thông tư 219/2013, sau này được kế thừa bởi Luật Thuế GTGT 48/2024 và Nghị định 181/2025. Ví dụ: một số dịch vụ y tế, giáo dục, tài chính, bảo hiểm, phần mềm, sản phẩm nông nghiệp chưa qua chế biến…

Cần phân biệt “không chịu thuế” với “chịu thuế suất 0%”. Hàng xuất khẩu thường áp dụng thuế suất 0% nên vẫn được khấu trừ/hoàn thuế đầu vào nếu đáp ứng điều kiện chứng từ hợp lệ, thanh toán và kê khai đầy đủ.

Căn cứ khấu trừ từ Thông tư 219 và các văn bản mới

Theo Điều 14 Thông tư 219/2013 và các hướng dẫn hiện hành, thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng riêng cho hoạt động không chịu thuế GTGT thì không được khấu trừ và phải tính vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản.

Các văn bản mới (Luật Thuế GTGT 2024, Nghị định 181/2025) tiếp tục giữ nguyên nguyên tắc này: chỉ phần thuế GTGT đầu vào phục vụ cho hoạt động chịu thuế, đáp ứng đủ điều kiện (hóa đơn hợp lệ theo Nghị định 123/2020, chứng từ thanh toán…) mới được khấu trừ.

Phạm vi áp dụng phương pháp khấu trừ

Cơ sở kinh doanh áp dụng phương pháp khấu trừ (thường là doanh nghiệp có doanh thu từ bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ từ ngưỡng luật định trở lên) mới được xem xét khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Hộ kinh doanh, doanh nghiệp nhỏ áp dụng phương pháp trực tiếp thì không hạch toán TK 133, toàn bộ thuế GTGT đầu vào được ghi nhận vào chi phí.

Cách Tính, Hạch Toán Và Kê Khai Khấu Trừ GTGT Theo VAS

Công thức tính và phân bổ thuế đầu vào

Nguyên tắc chung: nếu đầu ra 100% không chịu thuế thì đầu vào không được khấu trừ. Nếu doanh nghiệp vừa có hoạt động chịu thuế, vừa không chịu thuế và thuế đầu vào dùng chung thì phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu: thuế GTGT được khấu trừ = thuế GTGT đầu vào dùng chung × doanh thu chịu thuế / tổng doanh thu.

Hàng tháng/quý, kế toán tạm phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ; cuối năm thực hiện tính lại theo doanh thu thực tế và điều chỉnh trên tờ khai 01/GTGT, đồng thời rà soát ảnh hưởng đến quyết toán thuế TNDN.

Hạch toán kế toán tuân thủ chuẩn mực VAS

Đối với phần thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, bút toán thường là: Nợ TK 133 – Thuế GTGT được khấu trừ; Có TK 111, 112, 331… Nếu đầu ra không chịu thuế, hoặc phần thuế đầu vào phân bổ không được khấu trừ, kế toán ghi tăng chi phí hoặc nguyên giá tài sản: Nợ TK 623, 627, 642 hoặc 211; Có TK 133.

Theo VAS và Thông tư 200/2014, 133/2016, doanh nghiệp phải trình bày rõ các khoản thuế GTGT không được khấu trừ trên báo cáo tài chính, để đảm bảo minh bạch khi quyết toán thuế GTGT và thuế TNDN.

Quy trình kê khai và quyết toán thuế GTGT

Kế toán lập tờ khai 01/GTGT định kỳ, phân loại rõ doanh thu chịu thuế, không chịu thuế, doanh thu 0% và số thuế GTGT đầu vào tương ứng. Phần thuế đầu vào liên quan đến đầu ra không chịu thuế không được ghi vào chỉ tiêu khấu trừ mà được đưa vào chi phí khi lập báo cáo tài chính.

Khi quyết toán, cần đối chiếu số liệu giữa sổ kế toán, báo cáo tài chính, tờ khai thuế GTGT, thuế TNDN và hồ sơ hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020 để tránh sai lệch dẫn đến bị ấn định thuế.

Sai Sót Thường Gặp, Rủi Ro Phạt Và Kinh Nghiệm Xử Lý

Lỗi khấu trừ và mức xử phạt cụ thể

Sai sót phổ biến là doanh nghiệp coi toàn bộ đầu vào được khấu trừ dù đầu ra thuộc diện không chịu thuế, hoặc phân bổ tỷ lệ sai. Khi thanh tra, cơ quan thuế sẽ loại khấu trừ, truy thu thuế GTGT, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN và áp dụng phạt 20% số thuế thiếu, cộng tiền chậm nộp 0,03%/ngày theo Nghị định 125/2020.

Kinh nghiệm làm việc với cơ quan thuế

Khi bị truy vấn, kế toán cần chuẩn bị đầy đủ hợp đồng, hóa đơn điện tử hợp lệ, bảng phân bổ thuế GTGT đầu vào, bảng đối chiếu doanh thu chịu thuế – không chịu thuế và thuyết minh trên báo cáo tài chính. Trường hợp có sai sót, nên chủ động khai bổ sung, nộp phạt sớm để được xem xét giảm nhẹ.

Thực tế nhiều doanh nghiệp y tế, giáo dục đã giảm được mức phạt nhờ chứng minh được mục đích sử dụng, cách phân bổ có cơ sở và đã điều chỉnh kịp thời trên tờ khai quyết toán.

Lưu ý tuân thủ và so sánh VAS – IFRS

VAS: Thuế GTGT không được khấu trừ thường ghi tăng chi phí hoặc nguyên giá, trình bày tách bạch trên báo cáo tài chính để phục vụ quyết toán thuế.
IFRS: Không có thuế GTGT, nhưng nguyên tắc chung là thuế gián thu không hoàn lại được đưa vào chi phí hoặc giá trị tài sản, gần tương tự cách xử lý của VAS.

FAQ

Câu 1: Đầu ra 100% không chịu thuế thì đầu vào có được khấu trừ không?
Không. Theo quy định về khấu trừ thuế GTGT, nếu hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng riêng cho hoạt động không chịu thuế thì toàn bộ thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ, phải tính vào chi phí hoặc nguyên giá.

Câu 2: Tỷ lệ đầu ra chịu thuế và không chịu thuế thì phân bổ đầu vào thế nào?
Doanh nghiệp xác định tỷ lệ theo doanh thu: thuế GTGT được khấu trừ = thuế GTGT đầu vào dùng chung × doanh thu chịu thuế / tổng doanh thu. Hàng tháng/quý tạm phân bổ, cuối năm tính lại theo doanh thu thực tế và kê khai điều chỉnh trên tờ khai GTGT.

Câu 3: Hóa đơn đầu vào cho hoạt động không chịu thuế có được tính chi phí hợp lý không?
Có thể, nếu phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, hóa đơn – chứng từ hợp lệ, thanh toán đúng quy định. Tuy nhiên phần thuế GTGT không được khấu trừ sẽ được cộng vào chi phí hoặc nguyên giá khi tính thuế TNDN.

Câu 4: Bị thanh tra truy thu GTGT đầu vào do phân bổ sai thì xử lý thế nào?
Doanh nghiệp phải kê khai bổ sung, nộp phần thuế GTGT bị loại khấu trừ, đồng thời điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế TNDN nếu cần. Tiền chậm nộp tính 0,03%/ngày trên số thuế thiếu; nên chủ động giải trình, xuất trình đầy đủ hóa đơn điện tử và sổ sách để hạn chế bị coi là kê khai gian lận.

Tóm lại, việc hiểu đúng quy tắc “đầu ra không chịu thuế thì đầu vào có được khấu trừ không?” rất quan trọng với kế toán SME. Nếu xác định sai tính chất thuế GTGT hoặc phân bổ không đúng, doanh nghiệp dễ bị loại khấu trừ, truy thu thuế GTGT, tăng thuế TNDN và phát sinh tiền phạt. Kế toán cần rà soát quy trình kê khai thuế, tờ khai quyết toán, báo cáo tài chính và chứng từ để sẵn sàng giải trình. Với nghiệp vụ phức tạp, nên đối chiếu văn bản mới và trao đổi cơ quan thuế để giảm rủi ro.

Bài viết cùng chủ đề