Tổng hợp các trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, quy định mới từ 01/07/2025 và lưu ý quan trọng để kế toán SME tránh truy thu, phạt thuế.

Theo Điều 14 Thông tư 219, thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ nếu hàng hóa dịch vụ không phục vụ hoạt động chịu thuế hoặc hóa đơn, chứng từ không hợp lệ. Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ khi có hóa đơn đúng quy định, thanh toán không dùng tiền mặt cho khoản từ 5 triệu đồng và hàng hóa dịch vụ phục vụ hoạt động chịu thuế. Quy định áp dụng cho mọi doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ, đặc biệt quan trọng khi quyết toán thuế.

Tham khảo thêm: Các trường hợp không tính thuế đầu ra nhưng không được khấu trừ đầu vào

Luật Thuế GTGT 48/2024/QH15 (hiệu lực 01/07/2025) bổ sung quy định về thuế đầu vào không được khấu trừ. Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn chi tiết và giảm ngưỡng thanh toán không dùng tiền mặt từ 20 triệu xuống 5 triệu đồng. Thông tư 219 cùng các thông tư sửa đổi quy định thêm về điều kiện hóa đơn, chứng từ và giới hạn khấu trừ với ô tô trên 1,6 tỷ đồng. Những thay đổi này tác động mạnh đến doanh nghiệp SME, yêu cầu kế toán cập nhật quy trình kê khai từ quý III/2025.

Thuế GTGT đầu vào không được khấu trừ phải hạch toán vào chi phí theo VAS 01 hoặc vào nguyên giá TSCĐ theo VAS 03. Với ô tô dưới 9 chỗ vượt 1,6 tỷ, phần thuế không khấu trừ được cộng vào nguyên giá và làm tăng khấu hao. Theo Thông tư 200, kế toán hạch toán: Nợ 627 hoặc 642 / Có 133. Khác IFRS 15, VAS yêu cầu phân bổ thuế đầu vào dùng chung theo tỷ lệ doanh thu giữa hoạt động chịu thuế và không chịu thuế.

Từ 01/07/2025, giao dịch từ 5 triệu trở lên phải thanh toán qua ngân hàng hoặc bù trừ công nợ mới được khấu trừ thuế GTGT. Ví dụ hóa đơn 25 triệu thanh toán tiền mặt sẽ mất 2.272.727đ tiền thuế được khấu trừ. Doanh nghiệp có hoạt động chịu thuế và không chịu thuế phải phân bổ thuế đầu vào dùng chung theo tỷ lệ doanh thu. Ví dụ: doanh thu chịu thuế 8 tỷ, không chịu thuế 2 tỷ, thuế đầu vào chung 50 triệu → được khấu trừ 40 triệu. Phân bổ tạm hàng tháng và điều chỉnh khi quyết toán năm trên Tờ khai 01/GTGT.

Ô tô dưới 9 chỗ trị giá trên 1,6 tỷ chỉ được khấu trừ thuế tương ứng phần 1,6 tỷ. Ví dụ xe 2 tỷ, thuế 200 triệu → được khấu trừ 160 triệu, còn 40 triệu tính vào nguyên giá TSCĐ. Thuế đầu vào của hao hụt vượt định mức, xăng dầu, hàng tồn kho cũng không được khấu trừ. Hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế như y tế, giáo dục… không được khấu trừ thuế đầu vào (trừ trường hợp xuất khẩu 0%). Với dự án đầu tư chưa phát sinh doanh thu chịu thuế, cần kê khai tạm và điều chỉnh khi dự án đi vào hoạt động.

Kế toán SME hay mắc lỗi khấu trừ thuế đầu vào của hóa đơn trên 20 triệu thanh toán tiền mặt mà không có chứng từ ngân hàng, hoặc không điều chỉnh phân bổ thuế đầu vào dùng chung cuối năm. Case thực tế: Công ty XYZ bị loại 500 triệu thuế đầu vào, truy thu 200 triệu và phạt 40 triệu. Một lỗi khác là hạch toán thuế không được khấu trừ vào TK 133 thay vì đưa vào TK 642, khiến chi phí được trừ sai và phải điều chỉnh lại thuế TNDN.

Doanh nghiệp phải lưu trữ hóa đơn, hợp đồng và chứng từ thanh toán trong 10 năm. Cần kiểm tra hóa đơn đầu vào và đối chiếu thanh toán hàng tháng. Trường hợp thực tế: giao dịch 50 triệu không chuyển khoản nhưng có biên bản bù trừ công nợ hợp lệ nên tránh được truy thu. Khi quyết toán, loại trừ thuế không được khấu trừ trên Bảng kê 01-2/GTGT kèm Tờ khai 01/GTGT. Nếu vướng mắc, nên liên hệ cơ quan thuế qua tổng đài hoặc cổng etax để được hướng dẫn kịp thời.