Điểm mới Thông tư 121/2025/TT-BTC về thủ tục hải quan & Thuế XNK

Thông tư 121/2025/TT-BTC được Bộ Tài chính ban hành ngày 18/12/2025, có hiệu lực từ 01/02/2026, đánh dấu bước chuyển quan trọng trong cải cách thủ tục hải quan điện tử. Nhiều doanh nghiệp xuất nhập khẩu đang gặp khó khăn khi phải nộp hồ sơ giấy cho từng thủ tục thuế xuất nhập khẩu, gây tốn kém thời gian và chi phí.

Thông tư mới này sửa đổi đáng kể quy định về hồ sơ hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế, giúp đơn giản hóa thủ tục và thúc đẩy chuyển đổi số. Bài viết phân tích chi tiết các điểm mới quan trọng mà kế toán thuế doanh nghiệp cần nắm vững để tuân thủ đúng quy định.

Không bắt buộc nộp tờ khai giấy cho các thủ tục thuế XNK

Trích dẫn pháp lý: Theo khoản 1 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi Điều 3 Thông tư 38/2025/TT-BTC quy định:

“Người khai hải quan, người nộp thuế không phải nộp tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu khi đề nghị cơ quan hải quan thực hiện các thủ tục miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, gia hạn nộp thuế, nộp dần tiền thuế nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, khoanh tiền thuế nợ, xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt, trừ trường hợp khai hải quan trên tờ khai hải quan giấy.”

Diễn giải cho doanh nghiệp

Đây là thay đổi đột phá giúp doanh nghiệp xuất nhập khẩu tiết kiệm đáng kể thời gian và chi phí. Cụ thể, khi doanh nghiệp cần làm các thủ tục về thuế xuất nhập khẩu như xin miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, hoặc các thủ tục liên quan đến xử lý tiền thuế nộp thừa, gia hạn nộp thuế, không còn phải in và nộp tờ khai hải quan dạng giấy nữa.

Quy định này chỉ áp dụng khi doanh nghiệp thực hiện khai hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Toàn bộ hồ sơ sẽ được nộp trực tuyến, giúp rút ngắn thời gian xử lý và tăng tính minh bạch. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp vẫn khai hải quan trên tờ khai giấy thì vẫn phải tuân thủ quy trình nộp hồ sơ giấy theo quy định cũ.

Quy trình nộp hồ sơ điện tử và trách nhiệm người khai

Trích dẫn pháp lý: Tiếp tục tại Điều 3 Thông tư 38/2025/TT-BTC được sửa đổi quy định:

“Khi làm thủ tục hải quan, người khai hải quan khai và nộp các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan theo nguyên tắc người khai hải quan tự chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của nội dung đã khai và các chứng từ đã nộp; sự thống nhất nội dung thông tin giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ lưu tại cơ quan hải quan.”

Ý nghĩa thực tiễn

Quy định này đặt ra trách nhiệm rất rõ ràng cho người khai hải quan và doanh nghiệp. Khi nộp hồ sơ điện tử, doanh nghiệp phải tự đảm bảo các thông tin khai báo là chính xác, đúng sự thật và hợp pháp. Đặc biệt quan trọng là phải đảm bảo sự thống nhất giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ đã nộp cho cơ quan hải quan.

Điều này có nghĩa nếu sau này cơ quan hải quan hoặc cơ quan thuế tiến hành kiểm tra sau thông quan, mà phát hiện thông tin không khớp giữa hồ sơ nộp online và hồ sơ lưu tại công ty, doanh nghiệp sẽ phải chịu trách nhiệm pháp lý. Vì vậy, kế toán thuế cần lưu trữ và quản lý hồ sơ một cách cẩn thận, có hệ thống.

Chứng từ điện tử và quy định về miễn nộp

Trích dẫn pháp lý: Thông tư quy định:

“Trường hợp các chứng từ đã được cấp trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc trên Cổng dịch vụ công trực tuyến hoặc cơ quan có thẩm quyền ở nước xuất khẩu gửi dưới dạng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa ASEAN hoặc Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của Điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên thì người khai hải quan không phải nộp.”

Diễn giải: Đây là điểm thuận lợi lớn cho doanh nghiệp. Nếu các chứng từ như giấy chứng nhận xuất xứ (C/O), giấy phép nhập khẩu, hoặc các giấy tờ khác đã được cấp và lưu trữ trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, hoặc được gửi từ nước ngoài qua Cổng ASEAN Single Window, thì doanh nghiệp không cần phải nộp lại chứng từ đó nữa. Hệ thống hải quan sẽ tự động tra cứu và đối chiếu thông tin, giúp giảm khâu trung gian và tăng tốc độ xử lý.

Điều kiện sử dụng VNeID và hạ tầng kỹ thuật

Trích dẫn pháp lý: Khoản 2 Điều 1 Thông tư 121/2025/TT-BTC sửa đổi khoản 5 Điều 6 Thông tư 38/2025/TT-BTC quy định:

“Tổ chức, cá nhân tham gia khai hải quan qua Hệ thống phải đáp ứng các điều kiện sau: Đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống để được cấp tài khoản truy cập và các thông tin kết nối. Tổ chức, cá nhân được sử dụng tài khoản VNeID để đăng ký tham gia kết nối với Hệ thống.”

Cách hiểu đơn giản

Trước đây, doanh nghiệp muốn khai hải quan điện tử phải đăng ký tài khoản riêng với cơ quan hải quan. Giờ đây, Thông tư cho phép doanh nghiệp và cá nhân sử dụng luôn tài khoản VNeID (tài khoản định danh điện tử quốc gia) để đăng ký và truy cập hệ thống hải quan điện tử. Đây là bước tiến lớn trong việc tích hợp các dịch vụ công, giúp doanh nghiệp không phải nhớ nhiều tài khoản khác nhau.

Tuy nhiên, việc sử dụng VNeID là một lựa chọn, không bắt buộc. Doanh nghiệp vẫn có thể đăng ký tài khoản theo cách truyền thống nếu muốn. Ngoài ra, doanh nghiệp cần trang bị đầy đủ hạ tầng kỹ thuật như máy tính, kết nối internet ổn định, và phần mềm khai hải quan điện tử đã được Cục Hải quan kiểm tra và xác nhận phù hợp.

Sai sót phổ biến doanh nghiệp cần tránh

Trong thực tế, nhiều doanh nghiệp SME mắc lỗi khi chuyển đổi sang khai hải quan điện tử:

• Khai sai mã số hàng hóa (HS Code): Dẫn đến thuế suất không chính xác và có thể bị truy thu thuế
• Giá trị hải quan không khớp với chứng từ: Hóa đơn thương mại, chứng từ thanh toán không đồng bộ với tờ khai
• Xuất xứ hàng hóa khai không đúng: Ảnh hưởng đến việc áp dụng ưu đãi thuế quan
• Không lưu giữ đầy đủ chứng từ gốc: Vi phạm Điều 18 Luật Hải quan 2014 về nghĩa vụ lưu hồ sơ 05 năm

Để tránh các lỗi trên, kế toán thuế cần đối chiếu kỹ lưỡng giữa hợp đồng mua bán, vận đơn, hóa đơn thương mại và tờ khai hải quan trước khi nộp. Đồng thời cần cập nhật thường xuyên các thay đổi về biểu thuế, quy định xuất xứ để khai báo chính xác.

Văn bản bãi bỏ và thời điểm hiệu lực

Trích dẫn pháp lý: Điều 2 Thông tư 121/2025/TT-BTC quy định về bãi bỏ văn bản:

“Bãi bỏ Thông tư 24/2012/TT-BTC ngày 17/02/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư 77/2008/TT-BTC; Bãi bỏ Thông tư 72/2015/TT-BTC ngày 12/5/2015 và Thông tư 07/2019/TT-BTC ngày 28/3/2019…”

Thông tư 121/2025/TT-BTC bãi bỏ hoàn toàn 03 Thông tư cũ liên quan đến xử lý nợ đọng thuế và một số quy định về thủ tục hải quan đã lỗi thời. Đồng thời bãi bỏ một phần các quy định tại Thông tư 39/2015/TT-BTC, Thông tư 06/2021/TT-BTC và Thông tư 47/2025/TT-BTC. Nhiều mẫu biểu như Mẫu 03/NVTHQ, Mẫu 14/NVTHQ cũng không còn sử dụng nữa.

Thời điểm có hiệu lực và lộ trình chuẩn bị

Trích dẫn: Điều 3 Thông tư quy định: “Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 02 năm 2026.”

Doanh nghiệp xuất nhập khẩu có khoảng hơn 1 tháng để chuẩn bị trước khi Thông tư có hiệu lực. Đây là thời điểm quan trọng để:

+ Đầu tư nâng cấp hạ tầng kỹ thuật nếu chưa đáp ứng yêu cầu
+ Đăng ký tài khoản VNeID hoặc tài khoản hải quan điện tử
+ Đào tạo nhân viên kế toán, nhân viên khai hải quan về quy trình mới
+ Rà soát lại toàn bộ quy trình nội bộ về quản lý hồ sơ xuất nhập khẩu
+ Tham gia các buổi tập huấn do cơ quan hải quan tổ chức

Kết luận

Thông tư 121/2025/TT-BTC là văn bản pháp lý quan trọng đánh dấu bước chuyển đổi mạnh mẽ sang khai hải quan điện tử toàn diện. Việc không bắt buộc nộp tờ khai giấy cho các thủ tục thuế xuất nhập khẩu, cho phép sử dụng VNeID và tích hợp với các cổng thông tin điện tử sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và nâng cao hiệu quả hoạt động.

Kế toán thuế tại doanh nghiệp cần nắm vững các quy định mới, đặc biệt là trách nhiệm về tính chính xác của thông tin khai báo và sự thống nhất giữa hồ sơ nội bộ với hồ sơ nộp cho cơ quan hải quan. Tuân thủ đúng quy định ngay từ đầu không chỉ giúp tránh rủi ro pháp lý mà còn tạo lợi thế cạnh tranh trong hoạt động xuất nhập khẩu. Doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị kỹ lưỡng trước ngày 01/02/2026 để có thể chuyển đổi thuận lợi sang quy trình mới.

Bài viết cùng chủ đề